Điện Hòn Chén được xây dựng trên núi Ngọc Trản thuộc lòng Hải Cát. Ngọc Trản là một ngọn núi cheo leo bên bờ vực thẳm - chỗ sâu nhất của dòng sông Hương. Sườn núi cây cối mọc um tùm. Trên đỉnh có một chỗ trũng xuống, đường kính vài mét, nước mưa thường đọng lại, trông giống cái chén đựng nước trong. Vì vậy, từ xưa núi được đặt tên là Ngọc Trản sơn (núi Chén Ngọc), dân gọi là Hòn Chén.
Mặt bằng kiến trúc của ngôi đền không rộng. Điện thờ chính là Minh Kính Đài nằm ở giữa, mặt hương ra sông. Điện được xây dựng năm 1886 dưới thời vua Đồng Khánh có mặt bằng 15m x 17m, được chia làm ba cung từ cao xuống thấp, từ sau đến trước căn cứ vào chức năng thờ phụng:
- Thương cung hay Thượng điện chia làm hai tầng: tầng trên thờ Thánh Mẫu Thiên Y A Na, Thánh Mẫu Vân Hương, ảnh vua Đồng Khánh và một thánh khác, tầng dưới dùng là chỗ tiếp khách và nơi ở của thủ từ.
- Cung Hội Đồng thờ hàng chục tượng thần khác, có cả tượng Phật và dùng làm nơi thiết trí các đồ cúng dùng để rước sắc trong các dịp lễ lớn.
- Tiền điện có xây một hương án lớn, hai bên có trống chuông, là chỗ cử hành tế lễ… Trên bờ nóc, bờ quyết của Minh Kính Đài cũng như các công trình kiến trúc khác ở xung quanh, được trang trí chủ yếu hình ảnh con phụng – tượng trưng cho phụ nữ, ở đây là các nữ thần.
Bên phải Minh Kính Đài là nhà quan Cư Trinh Cát viện, chùa Thánh, bên trái là dinh ngũ vị thánh bà, bàn thờ các quan, động thờ ông Hạ Ban (từ ông Hổ: con cọp), am ngoại cảnh. Dưới bờ sông, cuối đường bên trái là am Thủy Phủ, ngoài ra còn có một số bệ thờ và am nhỏ khác nằm rải rác… Điện Hòn Chén thật xứng đáng được liệt vào danh thắng của đất cố đô.