Chùa được xây dựng vào năm 1944, trên một đỉnh núi nhỏ cao vút ẩn hiện giữa ngàn thông vi vu lộng gió. Khởi đầu năm 1944, chùa là một niệm Phật đường mái tôle vách ván đơn sơ, cheo leo trên chóp núi, do hòa thượng Thích Bích Nguyên chủ trì.

Năm 1948 đến 1962, Sư bà Thích Nữ Từ Hương trùng tu và xây dựng nên Linh Phong Ni Tự, một ngôi chùa trang nghiêm, tráng lệ như ngày nay... Cổng tam quan được xây dựng bằng đá xanh, tạo nên nét uy nghi cho ngôi tịnh đường theo triết lý Tam quán "Không, Giả, Trung". Chánh điện thờ Đức Phật A Di Đà cao 1,8m. Ở hai bên, phần trước thờ tượng Quan Thế Âm Bồ Tát và Đức Đại Thế Chí Bồ Tát bằng đồng bóng loáng, phần sau thờ Tổ và Linh. Phía sau chùa, trên đồi có một ngôi tháp nhỏ cao 3 tầng, hình lục giác sẽ là nơi an nghỉ của Sư bà khi viên tịch.